Las especies exóticas como el Ciervo Colorado, el Ciervo Dama, el Jabalí y la Liebre, fueron introducidas desde Europa para "embellecer la empobrecida fauna" de nuestros ambientes y hoy causan un serio impacto en los bosques que no están adaptados a estas especies.
Este serio problema se controla implementando un sistema de cotos de caza en los cuales se autoriza una extracción limitada y sirve para evitar que las poblaciones de estas especies se siga propagando y a su vez compitiendo por territorio con especies nativas como el Huemul.

El Pudú en cambio se ve acechado por perros domésticos, debido a que la zona que habita este pequeño ciervo es frecuentada por ganaderos que utilizan perros para el control del ganado.

La introducción de la Trucha para la pesca causó un grave retroceso en las especies nativas como el Puyén y el Pejerrey Patagónico. Por lo tanto se permite la pesca de las especies introducidas, con reglamentación, para la disminución del impacto que causa.

La caza furtiva también está presente en este Parque y persigue especies como el Huemul y el Puma para transformarlos luego en trofeos.

La flora exótica representa un problema de difícil solución. Numerosas especies vegetales fueron introducidas en la región por los primeros pobladores, en su mayoría originarios de Europa, para adornar sus jardines. De esta manera la Rosa Mosqueta el Lupino, la Margarita y muchas otras, se aclimataron perfectamente y gracias a la falta de controles naturales, comenzaron a dispersarse ya sin ayuda del hombre. En poco tiempo colonizaron lugares soleados como los bordes y claros del bosque, las zonas deforestadas y sometidas al pastoreo del ganado, orillas de rutas y caminos, baldíos vecinos a las viviendas, etc. Los vegetales nativos que originariamente ocupaban esos ambientes fueron paulatinamente desplazados. Lamentablemente, la erradicación de las plantas exóticas se torna muy dificultosa.

También la extracción maderera ilegal provoca graves impactos en los ambientes naturales.
A esto debemos sumarle los incendios, que son en la actualidad uno de los problemas más graves. Estos son ocasionados generalmente de manera intencional y son un factor grave de deterioro cuyas secuelas son difíciles de reparar.

La mayoría de las especies son de crecimiento muy lento y tardan en cubrir las laderas. La falta de vegetación favorece el arrastre del suelo por lluvias y viento, causando erosión.