Un aspecto poco difundido acerca del Delta del Paraná es su gran valor como sitio arqueológico.

Los primitivos habitantes del Delta podrían definir tres grupos: dos de ellos muy próximos entre sí, los Chanáes y Mbeguáes, y los Guaraníes. Los dos primeros formaban parte del llamado "Grupo del Litoral" y estaban bastante relacionados con las etnias ubicadas aguas arriba, sobre el Río Paraná y sus afluentes.

Los Chanaés ocupaban la margen derecha del Paraná en el sur de Santa Fe y nordeste de Buenos Aires, aproximadamente entre el Río Luján y la actual ciudad de Rosario, abarcando las islas al sur del Paraná Guazú.

Al norte de este brazo del Paraná y por todo el delta entrerriano, se ubicaban los Mbeguáes frente a sus vecinos.
Ambos grupos indígenas eran cazadores y pescadores, y poseían una rudimentaria alfarería. Esta se destacaba por su peculiar decoración, que incluía guardas geométricas y cabezas de animales, en especial Loros. Se desplazaban en canoas confeccionadas en un solo tronco ahuecado y utilizaban para cazar o pescar: redes, pequeños arcos, flechas y arpones con punta de piedra o hueso.

Los Guaraníes estaban repartidos en dos grupos: el de los Chandules o "Guaraníes de las Islas", que habitaron las islas orientales y meridionales del Delta, y el del Carcarañá que ocupaba las islas ubicadas a la altura de la desembocadura de ese río sobre el Paraná.

En la actualidad se posee escasa información sobre la superposición espacial y temporal de estos grupos humanos en el Delta del Paraná y de las características culturales propias de cada una de estas etnias. No obstante, basta recorrer la toponimia deltaica para ver aparecer en la misma numerosos vocablos guaraníes y el nombre del Arroyo Chaná. De esta manera se corrobora la gran influencia, aún hoy presente, de estas antiguas culturas, otrora dueñas de este gigantesco universo de islas, ríos y riachos.