A pesar de su vasta extensión en Argentina, la Estepa Patagónica, es una de las regiones más comprometidas en cuanto a su estado actual de conservación. Actualmente sufre un importante e irreversible proceso de desertificación producto del sobrepastoreo del ganado doméstico, en especial el ganado ovino. Este representa un serio problema, ya que ingresa en cierto sectores del Monumento y llega a causar graves problemas erosivos. El ovino come los vegetales prácticamente de raíz y sus patas desmenuzan el suelo; en cambio, el Guanaco ramonea las plantas cortando solamente la parte superior y sus patas poseen almohadillas que no hienden la tierra.

Estos procesos erosivos traen como consecuencia la disminución de poblaciones de otras especies herbívoras como la Mara. Otro serio problema al que se enfrenta la fauna de la zona es la caza, ya sea por su piel, o por considerarla perjudicial a la actividad ganadera.

Los pobladores de la región utilizan poderosísimos venenos como la Estricnina y trampas cepo para capturar y eliminar Zorros y Pumas. Colocando cebos tóxicos o rociando cadáveres de animales, producen una interminable cadena de muertes en especial de carnívoros y carroñeros como: Peludos, Gatos Silvestres, Zorrinos, Hurones, todo tipo de aves rapaces, etc.

La Liebre Europea constituye también un problema de conservación debido a que esta compite por alimento con las especies nativas herbívoras.

La depredación que sufren los yacimientos fósiles por el turismo es notable, y pone en evidencia la falta de conciencia y la desaprensión que poseen los visitantes frente a estos sitios de enorme valor. Se ha comprobado, tristemente, que una persona es capaz de llevarse 1 kg. de tronco fósil, escondido entre sus ropas, a modo de "recuerdo", eludiendo la estricta vigilancia del Guardaparques.