En cuanto a la hidrografía de la provincia de Santa Cruz, cuatro son las cuencas destacables.
El norte de aquella, es recorrido por el río Deseado 615 km., desde la cordillera hasta el Atlántico y en una dirección común a los ríos de la Patagonia, del noroeste al sudeste.
Formado por el cañadón homónimo y el río Pinturas cuyos paredones guardan inscripciones de los aborígenes, escurre hacia el este, donde comienza a explayarse y secarse para desembocar finalmente en un aria a 40 km. de la costa, afectada por las mareas, la superficie y el contorno de las depresiones.

El río Santa Cruz 382 km, procede del Lago Argentino, y a través del Río La Leona, del Lago Viedma.
Es el segundo río en importancia en la Patagonia, sus aguas claras y potables desembocan en el brazo meridional de la ría del mismo nombre, entre islas y bancos de arena.
El ancho máximo de la ría es de 6 km. y sus 57 km. de longitud son influenciados por las mareas.
En el brazo septentrional desagua el Río Chico 420 Km. originado en el sur del Cerro San Lorenzo, y obligado por la gran Altiplanicie Central a bifurcarse cuatro veces y confluir con el Río Shehuen o Chalía.

En el sur, el Río Coig o Coyle 350 km. recoge las precipitaciones abundantes del oeste, mediante tres afluentes.
Su dirección inicial noroeste-sudeste cambia radicalmente sudoeste-nordeste, a partir del meridiano de 70º O.
Nacido en la cordillera, el Río Gallegos 300 km., recorre un encajonado valle que luego se ensancha, para desembocar en una ría de 45 km. de largo, donde las mareas alcanzan amplitudes de 13 m.
El afluente más importante en su trayecto es el Río Chico 75 km.

Algunos cursos derraman directa o indirectamente sus aguas al Océano Pacífico, ellos son: Meyer, Vizcachas, Guillermo, Jeinemeni y afluentes del arroyo Zanja Honda.

Los lagos más importantes son: Buenos Aires 881 km2, compartido con Chile, Ghio, Pueyrredón compartido con Chile, Salitroso sin desagüe, Belgrano, Burmeister, Nansen, Strobel sin desagüe, Quiroga, San Martín 1.013 km2 compartido con Chile, Cardiel sin desagüe, Tar, Viedma 1.088 km2 y Argentino 1.415 km2, estos dos últimos alimentados por numerosos glaciares.