Los ríos más importantes son el Jáchal-Bermejo y San Juan, ambos pertenecientes al sistema del Río Desaguadero, con rumbo noroeste-sudeste y régimen nival.

El río Jáchal, 640Km., nace en Catamarca y recorre  295Km., de frente cordillerano, abarcando una cuenca de 2.800 Km2.

Primero con al nombre de Blanco y por último con los emisarios Zanjón Viejo y Zanjón Nuevo, desagua al Bermejo en el Valle de Ampacama, desembocando en las lagunas de Huacanache.

El Río San Juan, 500Km., nace en el Cerro Olivares, en la Cordillera, escurre las aguas en un frente de 260Km., penetra en el Valle de Tulún y junto con el Mendoza desemboca en las lagunas antedichas.
Tiene una cuenca de 28. 000 Km2.