Nominada en honor al Bautista, esta provincia es parte de la Región Cuyo, comprendiendo: en la mitad occidental, la subregión de las Grandes Montañas del Oeste y en la mitad oriental, la subregión de las Travesías con los Oasis Ricos inclusos, que constituyen otra subregión.
Un pequeño sector oriental corresponde a la subregión de las Sierras y Pampas Altas de la Región de las Sierras Pampeanas.

Su relieve es abrupto, con montañas de gran magnitud que ocupan el 80% del espacio provincial y contrastes notables de oriente a occidente.
La insuficiencia de las precipitaciones pluviales y níveas determina el escaso desarrollo de las nieves, periódicas y "penitentes" entre los 3500 m. y 5000 m., y permanentes arriba de los 5000 m. y de cuencas hidrográficas.

Esa gran altura dificulta la comunicación a través de los pasos cordilleranos, entre los que se destacan: del Inca, de Challay, de las Tórtolas, del Agua Negra, de Barahona, del Portillo, de los Piuquenes. de las Ojotas, de los Teatinos, de las Llaretas y Portezuelo de Longomiche.

La intensa desagregación mecánica de las rocas provoca la acumulación de material suelto en las laderas y al pié de les montañas, en las cuales predomina el vulcanismo pasivo.
En esta subregión, los cerros fronterizos más importantes son el del Potro, del Toro y las Tórtolas.
En el este predomina la presencia de bloques sueltos que pertenecen al sistema de las sierras Pampeanas, que alternan con zonas llanas y muy áridas, los cordones de la cordillera se vuelven más elevados pero fragmentados por valles transversales de cursos de agua, cuyas cabeceras se hallan cerca del límite.
Entre los encadenamientos se destacan las cordilleras de la Brea, del Infiernillo, del Inca, de Carachas, de Santa Rosa, de San Guillermo, de la Ortiga, del Zacarrón, de Colangüil, del Agua Negra, de Olivares, de las Leñas, de los Patos, del Norte, de Melchor, de Lucho, de la Totora, de la Varilla, de Ansilta, de Santa Cruz y de los Penitentes.

Al este de los Campos de la Punta del Agua, limite regional por transfiguración, se alinean las laderas escarpadas de las sierras Morada, del Valle Fértil, de la Huerta, Pié de Palo, que culmina en el Cerro Mogote Corralitos de 3162 m. y del Gigante.

Hacia el oeste, el terreno se eleva de manera gradual.
Los cursos fluviales que proceden del ámbito andino han labrado estrechos valles de los ríos Jáchal y San Juan.
Algunos valles longitudinales como el del Río Blanco, Río Iglesia y Valle de Calingasta, indican el inicio de las formas precordilleranas, caracterizadas por sus cumbres anchas, planas y sin nieves permanentes, caldeos con escombros, y al pié, valles y quebradas largas y estrechas.
Las cadenas más conocidas son: al norte del Río Jáchal, sierras del Volcán, Yerba Loca, de la Batea, Jáchal y de Mogma, entre los ríos Jáchal y San Juan, Sierras Negra, La Trampa, del Tigre, de la Invernada, de Talacasto, del Morado, de la Crucecita, de la Cantera y de Villicún, y al sur del Río San Juan, las sierras del Tontal, Paramillo del Tontal, Alta de Zonda y Chica de Zonda.

Hacia occidente, una extensa faja deprimida separa sus cordones de la cordillera Orientalo Frontal.
A ella pertenecen las más altas cumbres de la provincia, que superan los 4.500 metros.
La cordillera Occidental o del Geosinclinal se ubica más hacia el oeste y actúa como divisoria de aguas y límite internacional con la República de Chile.
Son llamativos los "penitentes", formaciones de hielo de hasta 3 m. de altura, que reciben ese nombre por su parecido a monjes con capuchas blancas, que suben a las montañas en actitud de guardar penitencia.

En la parte oriental de la provincia hay vastas planicies, que presentan suelos esqueléticos como consecuencia de los numerosos ciclos erosivos.
En estos arenales desérticos y estériles, abundan los cauces secos, que señalan la existencia pretérita de clima húmedo, en lo que hoy constituyen verdaderas llanuras áridas.
La elevación general del suelo que se va acentuando con la proximidad de las sierras.
Las Sierras y Pampas Altas, cúspides aplanadas de las sierras, del borde oriental sanjuanino, orográficamente representan las últimas estribaciones andinas, que se caracterizan por sus pedregales al pié y la disminución de su altura hacia el este y hacia el sur.

Aislados de los desiertos sin aguas y casi sin vegetación, se hallan dos lugares bien diferenciados, denominados Oasis Ricos de San José de Jáchal y San Juan, asiento de las respectivas localidades a lo largo de sendos cursos de agua.
La disponibilidad de agua y la consecuente fertilidad del suelo, ha convertido a esta subregión en el lugar ideal para la radicación de población y cultivo del suelo.
El aprovechamiento de la energía hidroeléctrica asciende a más del 70% de la energía consumida por la provincia.