Tres son los tipos climáticos que predominan en esta provincia mediterránea: árido andino puneño en el oeste bajas temperaturas por la altitud y escasas lluvias por la disposición del relieve, subtropical serrano al norte y al sur del oriente jujeño veranos cálidos, inviernos suaves y abundantes precipitaciones orográficas entre noviembre y abril, y subtropical con estación seca en el este temperatura media anual superior a los 20º C, lluvias estivales y atmósfera diáfana.

La Puna salteña ofrece una rica red de cauces secos desembocando en depresiones salinas, que constituyen testigos elocuentes de la posible existencia en el pasado de clima húmedo.