Las abundantes lluvias orográficas que se producen en la cordillera y el derretimiento de sus nieves, dan origen a cursos de agua que en general poseen un rumbo oeste-este, lagos en sus cabaceras o interpuestos y que por confluencias se convierten en ríos importantes.

Surcan la provincia ríos de las pendientes atlántica Colorado, Limay, Negro y Pacífica, Manso.
El primero límite interprovincial prácticamente no recibe afluentes y tiene un régimen de deshielos.
El Limay que nace en el Lago Nahuel Huapi también es límite interprovincial, posee numerosos afluentes y 37 lagos interpuestos en su cuenca.
Varios diques regulan su caudal, que aporta desde el punto de vista hídrico, el 70% de las aguas del Río Negro.
Este río es el tercero del país por su longitud 635 Km., su caudal y su navegabilidad.
Formado por los ríos Neuquén y Limay recoge las aguas de un frente cordillerano de 600 Km., el Neuquén no posee lagos reguladores, a excepción del lago artificial Pellegrini.
Opuesto es el caso del Limay, que recorre el "Valle Encantado".
El valle del Río Negro oscila su ancho entre 5 Km, en Chelforó y 25 Km, en Choele Choel, posee bardas de hasta 200 m y tres terrazas que circundan su cauce único o ramificado y meandroso.
A pesar de no tener afluentes después del Neuquén descarga en el mar el 37% del agua de su cuenca.
Es navegable en creciente hasta Carmen de Patagones, pero son posibles las varaduras por la barra que hay en su desembocadura.
Las aguas del Río Negro se utilizan para irrigación del suelo, agua potable, bebida para la hacienda, consumo industrial, navegación, pesca, etc.
El Río Manso nace en el Ventisquero del Tronador, penetra en el Lago Mascardi y por la divisoria de aguas al oriente de éste, se desvía y desagua hacia el Pacífico, no sin antes recibir el aporte de afluentes y la interposición de lagos.

La Patagonia Andina es una subregión lacustre por excelencia.
La mayoría los lagos de origen glaciario, son profundos, ramificados, aptos para la navegación y con muchos puertos naturales e islas.
Sus aguas son puras, de deshielos, frías, azules y transparentes. Nahuel Huapi, Gutiérrez, Mascardi, Martín, Steffen y Escondido son los lagos más reconocidos.