Flora

Los árboles más abundantes son la lenga y el ñire que forman un bosque de hojas caducas.
El ciprés de la cordillera, conífera de hasta 20 m. de altura, que crece en las laderas más secas y expuestas al norte, es una especie típica del ambiente de transición con la estepa patagónica.
El pehuén, también conocido como araucaria, magnífica conífera, eleva su tronco recto y columnar hasta 45 m. y de su extremo surge una aparasolada copa, con sus ramas levemente inclinadas hacia abajo.
Las concentraciones más densas aparecen entre los 900 y 1800 m. sobre el nivel del mar, en sitios húmedos y fríos.
Los troncos alcanzan los 2 m. de diámetro, y los grandes individuos pueden llegar a edades cercanas a un milenio.
En ciertos lugares crecen asociados con la Lenga y un sotobosque de caña colihue, que puede medrar varios metros hacia lo alto, no dejando prácticamente claros.
Sus grandes semillas son comestibles, sirviendo de alimento tanto a la fauna silvestre como a los pobladores locales.
A veces mezclados con el coihue , se encuentran dos árboles notables por su gran tamaño: el roble Pellín y el Raulí, que alcanzan los 30 m. de altura, forman concentraciones mixtas en la zona comprendida entre los Lagos Quillén, Nonthué y Lácar.
Ambas especies son de hojas caedizas, característica que le da a estos bosques una belleza sobresaliente en otoño.
La excelente calidad de su madera, las ha hecho muy buscadas, siendo las especies arbóreas más perseguidas, amenazadas y escasas de la Patagonia andina.

Existen también árboles de hojas caducas, como la lenga y el ñire que forman un bosque particular, este último es propio de orillas de mallines y turbales, siendo especie pionera que coloniza luego de incendios.

La lenga, en cambio, si bien alcanza proporciones arbóreas, a partir de grandes alturas crece en forma achaparrada.

El alerce, gigantesca conífera que puede llegar a los 50 metros de altura, con troncos de 3,50 m de diámetro.

El maitén suele acompañar al ciprés en los sectores de transición, formando bosquecillos puros.
Junto al maitén, el chacay, desarrolla galerías a orillas de los ríos que ingresan a la estepa.

El arrayán o quetri, de ahí el nombre indígena de la Península de Quetrihué, que significa: "lugar donde hay quetris".
Este árbol, pariente del eucalipto australiano, suele crecer a orillas del agua, en terrenos muy húmedos.
Pero integrando bosques puros, solamente los encontramos al sur de la Península de Quetrihué y norte de la Isla Victoria.
Puede desarrollarse como arbusto o como árbol, dado que su follaje no cae en invierno se cataloga a sus bosques como siempreverdes.
Sin duda lo más característico y llamativo de esta especie es su corteza, de color canela o rojo ladrillo, con manchas blancas, debido a la caída en placas de la corteza vieja.
Es asimismo muy lisa, sedosa, y a la vez fría al tacto.
Es el último en florecer, pues lo hace desde principios de enero hasta fines de marzo, mientras que las demás especies generalmente finalizan su floración en el mes de diciembre como máximo.
Si bien las flores son esenciales para la reproducción de los árboles, también se multiplica gracias a sus raíces, las cuales emiten numerosos tallos o vástagos.
Estos pequeños tallos forman, al crecer, matas arbóreas muchas veces impenetrables, que a su vez, proyectan una sombra muy densa.
Dentro de estas condiciones, no es fácil el desarrollo de otras especies debido a la falta de luz y espacio.
También una rama caída puede emitir raíces y en la zona expuesta a la luz, las yemas producirán nuevas ramas.
De esta forma, la rama caída dará origen a un nuevo arrayán.
Mediante estudios se pudo determinar la edad del 80% de los especimenes del bosque de arrayanes, la cual varía entre los 165 a 250 años, faltando los ejemplares de edad intermedia, que no pudieron desarrollarse debido al pisoteo producido por los visitantes, antes que se realizara el entablonado. 
En forma dispersa, entremezclados con las comunidades de arrayán, podemos hallar otros árboles como: palo santo, mañiú macho y hembra, laurel, e integrando el sotobosque, arbolitos o arbustos como el canelo, tineo y patagua, entre otros.

Entre los arbustos tenemos al espino negro, el radal, que en sitios de mayor humedad adquiere un porte arbóreo; y el Notro cuyas llamativas flores compiten con las de mutisias, virreinas y amancays o liutos.

El calafate, el sen o tara, el charcao, el duraznillo, el quilimbay neneo, el molle, el colapiche, son especies que por lo general, cobijan a las herbáceas como los coirones, que junto a la mata Negra se asocia formando una estepa muy abierta de arbustos bajos.

Hay arbustos como  michay, vinagrillo, violeta, topa-topa, siete camisas, frutilla silvestre, etc.
También se hallan cortaderales en lugares protegidos por el viento.
En los mallines vegeta el Pangue o Nalca y cerca de los cursos y cuerpos de agua la bella Aljaba o Chilco, tambien prospera el junquillo, gracias a la humedad del suelo.

Dentro de las lagunas existen especies netamente acuáticas como el potamogeton y la vinagrilla, que forman auténticas praderas sumergidas y son el principal sustento de las aves acuáticas de las mismas. El oleaje frecuentemente las desenraiza y las acumula en forma de densos colchones sobre las orillas.

Los helechos, musgos, líquenes, hepáticas y hongos abundan en el suelo, entre ramas y troncos caídos o al pie de los árboles.
Helechos y epífitas crecen entre una espesa capa de musgo sobre los troncos, mientras que las enredaderas y lianas insinúan una formación selvática en el bosque.
Se destaca entre los hongos el llao-llao, parásito que produce tumores en forma de abultamientos en las ramas y troncos de distintas especies arbóreas.

Los bosques valdvianos cruzan por la cordillera en sitios bajos, que facilitan el necesario aporte de humedad, la que supera en ciertos lugares los 4000 mm. anuales.
Entre las especies exóticas que se han asilvestrado e invadido los ambientes naturales se destacan: la rosa mosqueta, el lupino, la margarita, el diente de león, el frambueso y la digitalia.
Estas especies, escapadas originariamente de los jardines, ocupan lugares que han sido alterados por actividades humanas, como la explotación forestal y el pastoreo del ganado doméstico.

Fauna

La fauna es la característica de los bosques andino-patagónicos, distinguiéndose entre los  más amenazados al pudú y al huillín, un carnívoro que depende a la vez del agua y de la tierra firme, vive solamente en las costas de los lagos, lagunas, ríos y arroyos, robusto de color marrón, de hasta 1,10 m. de largo y 10 kg. de peso, hábil nadador y buceador, con membranas entre sus dedos y poderosa dentadura adaptada para triturar y cortar.
Se refugia en barrancas densa vegetación.
Es el principal predador de los ecosistemas acuáticos de esta zona.
Se alimentan principalmente de cangrejos acuáticos y langostinos, ocasionalmente comen peces como truchas, percas y puyenes.
Junto al huemul, es la especie más amenazada desde el punto de vista de la conservación, considerándoselas "en peligro de extinción".

Sobresale la figura del huemul, uno de los dos ciervos nativos.
Muy buen nadador, de constitución robusta, orejas grandes y anchas, y con pelaje de color pardo, algo más oscuro en invierno que en verano.
Si bien en cierta época del año ocupa zonas bajas, hace intenso uso de los ambientes de montaña.
Se dispersa en verano por las zonas mas altas, donde se alimenta de los pastos de los mallines y praderas, como así también de arbustos, árboles jóvenes, y varias herbáceas, siempre cerca del bosque, donde busca refugio de predadores como el puma.
Cuando llega el invierno baja a los valles buscando alimento y es aquí donde corre riesgo su preservación ya que esas áreas han sido modificadas por el hombre, por lo tanto le resulta más difícil alimentarse, a esto se suma el desplazamiento que sufre por especies introducidas como el ciervo colorado.

Otro cérvido nativo que vive en el área es el pudú, que por su particularidad de ser uno de los ciervos más pequeños del mundo, se ha convertido en una de las especies animales más conocidas de la región, el adulto llega a pesar unos 10 a 12 kg. y su altura apenas pasa los 40 cm., ocupa las zonas de vegetación más densa y húmeda, donde puede refugiarse y moverse con facilidad gracias a su pequeño tamaño, se alimenta de arbustos, árboles jóvenes, helechos y otras hierbas que crecen en el suelo del bosque, entre sus predadores naturales se encuentran el puma, el zorro colorado y el perro doméstico, que causan un impacto negativo en su población.

Representando a los felinos encontramos al puma, al que los hacendados han declarado la guerra en base a una exagerada valoración de su impacto sobre el ganado y al gato huiña.
Este es un gato pequeño que mide 45 cm. de largo, de pelaje es bastante largo, con manchas compactas negras, habita en los bosques húmedos de la región andino patagónica, se alimenta básicamente de roedores y aves por la particularidad que posee de trepar árboles.

Entre los mamíferos debemos destacar la presencia de diversos roedores como el tucu-tuco y el pilquín o chinchillón, el coypo, dos especies de zorros el gris y el colorado, felinos como el gato montés y gato del pajonal, armadillos como los peludos y piches y los siempre presentes hurones y zorrinos.

Las especies exóticas más comunes son los ciervos colorados, la liebre y el jabalí europeo.

Entre las aves se destacan podemos mencionar: el pato de los torrentes, que captura larvas e insectos buceando en los rápidos turbulentos, el cisne de cuello negro que construye sus nidos en las orillas, por lo general en lugares protegidos por espadañas y totoras.
El cauquén común o avutarda, la bandurria, el cormorán, biguá, diversos patos como el zambullidor grande, vapor volador, pico cuchara, anteojillo, crestón, picazo y otros, comparten el hábitat con el cisne.

Entre las especies zambullidoras se distinguen el macá plateado, el grande, el pico grueso y el común o macacito.
Dentro de las gallaretas debemos destacar la denominada de ligas rojas.
Dos especies de gaviotas, la cocinera y la de capucho café, pasan largas horas en el agua y también en los bordes de la laguna.
De hábitos ribereños encontramos a los distintos tipos de chorlos y al tero común.
Están también presentes los flamencos andinos, los que suelen formar numerosos grupos más o menos numerosos, según la época del año.
El gaucho andino y el choique son aves típicas de la estepa.
Los distintos estratos del bosque, por su lado, cobijan picaflores, especies terrícolas como el esquivo chucao y el tapacola, el zorzal, el huet-huet, el comesebo patagónico, el carpintero grande habitan los ambientes boscosos, los vistosos carpinteros patagónicos.
Entre las rapaces, son muy comunes los halconcitos, águilas, lechuzas, jotes de cabeza negra y cóndores.

La fauna ictícola nativa la integran el puyén, las peladillas, el pejerrey patagónico, el bagre aterciopelado y los diminutos bagrecitos de arroyo.
La introducción de los salmones y truchas exóticas resultó nefasta para estos peces nativos, que fueron predados por estas grandes especies hasta casi su exterminio.

Los reptiles están representados por algunas pocas especies de lagartijas (saurios) y escasos batracios, podemos encontrar un endemismo, especie exclusiva de esta región, es un anfibio llamado ranita del challhuacao, se halla generalmente en la alta cuenca del arroyo challhuacao.

En los bosques tenemos otra rana característica de estas zonas que solo la podemos encontrar en los Parques Lanín y Huapi, su nombre es sapito vaquero o sapito de Darwin, que se caracteriza por su llamativa cabeza triangular.