Por su carácter mesopotámico esta provincia tiene límites hidrográficos, ríos Paraná, Uruguay, Iguazú, San Antonio, Pepirí Guazú, arroyos ltaembé, Chimiray y Angico, pero también contiene una densa red de cursos de agua, en su mayoría cortos, caudalosos y accidentados que escurren sendos ríos marginales.

Cuenta con 3000 Km. de ríos interiores, que hidrológicamente responden a un régimen pluvial estival, destacándose la ausencia de espejos de agua.
El Río Paraná, el más importante de América del sur después del Amazonas, en su curso superior recibe un gran aporte de numerosos ríos y abundantes precipitaciones de la región que recorre.
Encajonado entre sus orillas barrancosas, establece el límite internacional con la República del Paraguay.
A pesar de ser un río vigoroso, su profundidad de hasta 50 m. hace que sea navegable para el transporte de cargas y pasajeros, generalmente desde y hacia los puertos Iguazú, El dorado y Posadas.
Escoltando a la Selva Misionera, se dirige con un rumbo nordeste-sudoeste hasta Posadas, donde se ensancha, disminuye el desnivel de su lecho y contiene más islas, adoptando una dirección este-oeste.

Su principal afluente, el Río Iguazú, significa "grandes aguas”, establece parcialmente el límite internacional con la República Federativa del Brasil.
Se caracteriza por tener numerosos saltos separados por islotes cubiertos de palmeras, que conforman las cataratas que llevan su nombre.
Estas tienen 2700 m. de longitud, 72 m. de desnivel y más de 270 caídas de agua, siendo el salto Unión la divisoria internacional.
Su caudal es de 1750 m3/seg, que después de precipitarse recorren vertiginosamente un profundo cañadón, llamado Garganta del Diablo.
Su afluente más importante es el Río San Antonio, límite internacional.
antes de desembocar en el Paraná, presenta un fuerte desnivel provocado por la presencia de un Afloramiento de basaltos que conforma las conocidas internacionalmente cataratas del Iguazú.

Al este de Misiones, el Río Uruguay, cualidades muy similares al Paraná por el suelo que recorre, se caracteriza por los numerosos saltos, rápidos y correderas, como el Gran Salto del Moconá, de 6 m. de desnivel, accidentes que impiden la navegación, aunque en determinados tramos se realiza con embarcaciones menores y se transportan jangadas.
Por la margen derecha, recibe la influencia de las aguas del río Pepirí Guazú, que constituye el límite entre Brasil y Argentina.
Las copiosas lluvias dan nacimiento a innumerables pequeños ríos que bajan desde la sierra central y se dirigen hacia las cuencas del Paraná o del Uruguay.
Las fuertes pendientes y saltos les otorgan una potencialidad hidroeléctrica que ha permitido construir algunos aprovechamientos.