Esta provincia debe su nombre a las actividades desarrolladas por los misioneros Jesuitas, encargados de levantar reducciones de indios guaraníes y detener el avance de los "mamelucos".

La subregión Misionera de la Región Mesopotámica, abarca toda la provincia, y es una sobresaliente manifestación del macizo cristalino de Brasilia, que penetra desde el país vecino, donde se denomina formación de Sáo Bento.

Presenta forma de meseta abovedada, rocosa, dura y resistente, que orientada de nordeste a sudoeste, equidista de los ríos Paraná y Uruguay.

Posee una divisoria de aguas en su línea central, Sierras de la Victoria, de Misiones, y del Imán o ltacuará que forman una dorsal central divisoria de aguas y son el producto de la erosión hídrica, típica de los climas húmedos, en un relieve original amesetado que alcanza su mayor altura al este, 800 m. en la localidad de Bernardo de Irigoyen, extremo oriental del país y dos planicies rivereñas, una altiplanicie oriental y otra ondulada meridional, llamada planicie de los Apóstoles, que continúa en el nordeste de Corrientes.

Sus rocas son de color rojo intenso por la descomposición de los basaltos, rocas ricas en hierro.
En las sierras mencionadas, nacen numerosos ríos que confluyen al Río Paraná y al Río Uruguay, a través de cascadas, rápidos y saltos. También se observan cerros aislados.