En La Rioja, el sistema del Río Desaguadero se extiende a través del río Vinchina-Bermejo y su principal afluente, en San Juan, el río Guandacol o de la Troya.

El Vinchina-Bermejo, 200Km se forma por el aporte de tres ríos que confluyen cerca de Jagüe y forman el río Vinchina que desde el poblado homónimo cambia su nombre por el de Bermejo.
Su cuenca en esta provincia comprende el 25% del territorio y su régimen es periódico nival.

Únicamente los cursos de los ríos que tributan sus aguas al río Bermejo o Vinchina se integran al sistema hidrográfico del Desaguadero, que ocasionalmente alcanza a drenar al océano Atlántico.

Distintas características ofrecen las sierras y planicies riojanas con respecto a la hidrología de la región. En general, los ríos son cortos, temporarios, de régimen pluvial estival, de escaso caudal, principalmente en las laderas accidentales, irregulares, interrumpidos y suelen terminar en llanos o depresiones.

El río Salado o Colorado, Abaucán en Catamarca, luego de establecer el límite interprovincial se acerca al salar de Pipanaco, pasa por Villa Mazán y escurre casi sin agua, por evaporación y utilización de sus aguas, en el pantano Desagüe del Río Salado.
Su cuenca abarca un 7% de la extensión de la provincia.

Otra cuenca destacable es la del Valle de Chilecito o bajo de Santa Elena, depresión longitudinal entre los nevados de Famatina-Sierra de Sanogasta y Sierra de Velasco.
De éstas proceden los ríos Famatina, del Durazno y Guanchin o de Nonogasta, que contribuyen en cubrir el 8% de la superficie riojana.

Del faldeo oriental de la Sierra de Velasco nace el río Grande con varios afluentes temporarios, que desaguan el derretimiento de las escasas nieves o las lluvias estivales. Es una cuenca de poca importancia, 4 % de la superficie provincial.

En los Llanos Arenosos los arroyos del sistema Olta, Malazán, Anzulón, son insignificantes y sólo alcanzan a escurrir en las Salinas Grandes en épocas de lluvias. La cuenca de los Llanos abarca un 27 %, de la superficie de La Rioja.

El mejor espejo del clima lo constituye la cubierta vegetal de características xerófilas dominantes.
El paisaje riojano alberga una estepa arbustiva de matas espinosas con predominio de especies que se adaptan a las condiciones de sequedad ambiental reinantes.