Jujuy presenta los tres casos de desagüe de cuencas: arreicas sin ríos, en los numerosos salares ricos en sales de boro borateras, como la valiosa boronatro calcita, endorreicas con desague interior en las lagunas de Vilama, Pozuelos y de Guayateyoc, y exorreicas en la Prepuna con desagüe exterior como la del Río San Francisco y sus afluentes Grande, San Lorenzo, de las Capillas, de las Piedras y Lavayén incluidas doce lagunas de Yala.

Es importante la superficie cubierta por salares, como las salinas Grandes que se continúan en Salta con más de 500 km2, Salar Caucharí 304 km2, de Olaroz, y Salina de Jama.

Contrariamente a lo que puede suponerse los ríos aumentan más su caudal en invierno pues la creciente es producida por el sucesivo congelamiento nocturno y descongelamiento diurno de las aguas infiltradas en el suelo poroso de origen volcánico.

Por esto abundan los ojos de agua, manantiales.
También se encuentran muchas fuentes termales, tales como las del Palmar seis surgentes hipertermales y un manantial de agua fría, del Caimancito con aguas terapéuticas y los Baños de Reyes con aguas que alumbran a 60g/c.