En la Puna las condiciones meteorológicas son contrastantes como consecuencia de la altitud y latitud de la subregión,  manifiesta el clima árido andino puneño, que se caracteriza por tener temperaturas predominantemente bajas por la influencia de la altitud, una temperatura media anual de 10º C, gran amplitud térmica diaria hasta de 45º C, disminución de la presión atmosférica con la altura provoca el enrarecimiento del aire y como consecuencia el llamado “mal de Puna" o “soroche", humedad relativa baja originada por una atmósfera seca y diáfana que facilita la radiación diurna y la irradiación nocturna, frecuentes heladas, falta de penetración de los vientos por disposición de las sierras, precipitaciones generalmente estivales e inferiores a 300 mm. disminuyen de este a oeste, fuerte evaporación y mayor aridez hacia el sur.

Son temibles los vendavales fríos cargados de nieve y arena “viento blanco" vendavales que afectan el paso de los arrieros por los faldeos de los cerros.

El resto de la provincia hasta el Río de San Francisco está condicionada al clima subtropical serrano, denominación muy adecuada si se tiene en cuenta la altitud y que el Trópico de Capricornio cruza imaginariamente este territorio.
Aquí, las temperaturas disminuyen con la altura por esta razón en el valle de Jujuy refresca rápidamente de noche, los veranos son cálidos, los inviernos suaves con esporádicas heladas.

La amplitud media anual es de 10º C, la evaporación intensa, y las lluvias orográficas abundantes cae el 81 % del total anual, con un período seco de mayo a septiembre.

En el sudeste jujeño influye el clima subtropical, también con marcada estación seca, que afecta a la hidrografía tanto superficial como subterránea, la vegetación, la fauna y las actividades del hombre.

Las considerables amplitudes térmicas, las lluvias estivales y la humedad relativa del 70 % son las características de la zona.