El Chubut (de 810 Km.) es el río por excelencia de la provincia. Nace en el Cerro Carrera (en el sudoeste de Río Negro), donde se inicia el aporte de los cursos cordilleranos. Desde que abandona el ambiente andino se transforma en un río zigzagueante, con un rumbo general de oeste a este, sometido a evaporación y con un 90% menos de precipitaciones.

El río Senguer, que recibe las aguas de los lagos La Plata y Fontana, desemboca mediante varios brazos en los lagos Musters y Colhué Huapi.

La constante evaporación producida por los violentos vientos del oeste, influye para que el aporte hídrico, al ahora llamado Río Chico, sea insignificante.

Este, con una dirección sudoeste-nordeste (impuesta por el relieve) desagua en el Embalse Florentino Ameghino, que evita las escasas crecientes.

Como con todos los ríos patagónicos, el Chubut presenta una barra de arena en su desembocadura, que sólo permite el paso de naves de poco calado hasta Rawson (5 Km.).

En Chubut, son varios los ríos que nacen en la ladera de la cordillera y desembocan en el Océano Pacífico, deslizándose por bajos y valles transversales.

El más importante de la pendiente pacífica es el Río Futaleufú o Grande.

Otros cursos que derraman en esta pendiente son: el Carrenleufú o Corcovado, Encuentro (limítrofe), Pico, Simpson (limítrofe) y tributarios del Lago Puelo.

Los lagos cordilleranos (casi todos de origen glaciario) contribuyen a embellecer la región.
Se destacan los siguientes: Puelo, Epuyén, Cholila, Rivadavia, Menéndez, Futalaufquén, Amutui Quimeí, General Vintter (Palena en Chilke), La Plata, Fontana y Blanco.